原核生物的轉錄終止有兩種形式，一種是依賴ρ(Rho)因子的終止，一種是不依賴ρ因子的終止。原核生物DNA沒有共有的終止序列，而是轉錄產物序列指導終止過程。轉錄終止信號存在于RNA產物3’端而不是在DNA模板。

1、依賴ρ因子的轉錄終止

Rho因子是rho基因的產物，廣泛存在于原核和真核細胞中，由6個亞基組成，分子量300KD。Rho因子結合在新生的RNA鏈上，借助水解ATP獲得能量推動其沿著RNA鏈移動，但移動速度比RNA聚合酶慢，當RNA聚合酶遇到終止子時便發生暫停，Rho因子得以趕上酶。Rho因子與RNA聚合酶相互作用，導致釋放RNA，并使RNA聚合酶與該因子一起從DNA上釋放下來。

2．不依賴ρ因子的轉錄終止

這種轉錄終止方式是由于在DNA模板上靠近終止處有些特殊的堿基序列，即較密集的A-T配對區或G-C配對區，這一部位轉錄出的RNA產物3’端終止區一級結構有7～20堿基的反向重復序列，能形成具有莖和環的發夾結構，發夾結構3’側7～9堿基后有4～6個連續的U。RNA轉錄的終止即發生在此二級結構之內或之后。當新生成的RNA鏈3’端出現發夾樣局部二級結構時，RNA聚合酶就會停止作用，這可能是此二級結構改變了RNA聚合酶的構象，使酶不再向下游移動，磷酸二酯鍵停止形成，RNA合成終止。因此轉錄終止信號仍是RNA產物序列。在發夾結構后的連續U使RNA-DNA雜交鏈含多個U-A堿基配對而不穩定，容易解離，轉錄實際終止點在連續U末端的某一位點。局部解開的DNA恢復雙螺旋，核心酶從模板上釋放出來。