核酸分子大小與瓊脂糖濃度的關系

（1）DNA分子的大小 在凝膠中，DNA片段遷移距離（遷移率）與堿基對的對數成反比，因此通過已知大小的標準物移動的距離與未知片段的移動距離時行比較，便可測出未知片段的大小。但是當DNA分子大小超過20kb時，普通瓊脂糖凝膠就很難將它們分開。此時電泳的遷移率不再依賴于分子大小，因此，就用瓊脂糖凝膠電泳分離DNA時，分子大小不宜超過此值。

（2）瓊脂脂糖的濃度 如下所示，不同大小的DNA需要用不同濃度的瓊脂糖凝膠進行電泳分離。

瓊脂糖濃度與DNA分離范圍

瓊脂糖濃度 /% 0.3 0.6 0.7 0.9 1.2 1.5 2.0

線狀DNA大小/kb60-520-110-0.87-0.56-0.44-0.23-0.1

如何選擇瓊脂糖凝膠的濃度來分離DNA

總體原則是：分子量大的DNA，電泳時使用濃度較小的凝膠反之亦反。膠濃度越大，電泳速度越小；若膠濃度偏高，可能跑不動，條帶縮在一起；若膠濃度過低，可能跑得太快，同樣分不開。可參考下面的對應關系：

凝膠濃度（%） 線性DNA長度（bp）

0.5 1000～30000

0.7 800～12000

1.0 500～10000

1.2 400～7000

1.5 200～3000

2.0 50～2000