無菌操作是決定細胞培養成敗的關鍵因素，即便使用設備完善的實驗室，若實驗者粗心大意，操作不規范，也會導致污染。因此，所有操作都要最大可能的保證無菌，每一項工作都必須做到有條不紊和wan全可靠。

1、實驗進行前：在開始實驗前要制定好實驗計劃和操作程序。有關數據的計算要事先做好。根據實驗要求，準備各種所需器材和物品、清點無誤后將其放置操作場所(培養室、超凈臺)內，然后開始消毒。這可以避免開始實驗后，因物品不全往返拿取而增加污染機會。

2、無菌操作工作區域應保持清潔及寬敞，必要物品，例如試管架、吸管吸取器或吸管盒等可以暫時放置，其它實驗用品用完即應移出，以利于氣流之流通。實驗用品以70% ethanol 擦拭后才帶入無菌操作臺內。細胞培養實驗操作應在抬面之中央無菌區域，勿在邊緣之非無菌區域操作。

3、 小心取用無菌之實驗物品，避免造成污染。勿碰觸吸管尖頭部或是容器瓶口，亦不要在打開之容器正上方操作實驗。容器打開后，以手夾住瓶蓋并握住瓶身，傾斜約45°角取用，盡量勿將瓶蓋蓋口朝上放置桌面。

4、工作人員應注意自身之安全，須穿戴實驗衣及手套后才進行實驗。對于來自人類或是病毒感染之細胞株應特別小心操作，并選擇適當等級之無菌操作臺(至少Class II)。操作過程中，應避免引起aerosol 之產生，小心毒性藥品，例如DMSO 及TPA 等，并避免尖銳針頭之傷害等。

5、定期檢測下列項目

（1）CO2 鋼瓶的CO2 壓力；（2） CO2 濃度、溫度、及水盤是否有污染(水盤的水用無菌水，每周更換)； CO2 培養箱定期消毒；（3） 無菌操作臺內氣流壓力是否正常，定期更換紫外線燈管及HEPA 過濾膜，預濾網(300 小時/預濾網，3000 小時/HEPA)。