1.混有蛋白：不要使用過多菌體。經溶液P1、P2、P3處理，離心后溶液應為澄清的，如果還混有微小蛋白懸浮物可再次離心去除后再進行下一步驟。

2. 混有RNA：RNaseA處理不*，請減少菌體用量或加入溶液P3之后室溫放置一段時間。如果溶液P1已保存6個月以上，請在溶液P1中添加RNaseA。

3. 混有基因組DNA：加入溶液P2和P3后應溫和混勻，如果劇烈振蕩，可能把基因組DNA剪切成碎片從而混雜在質粒中。如果加入溶液P2后過于粘稠，無法溫和混勻，請減少菌體用量。細菌培養時間過長會導致細胞和DNA的降解，培養時間不要超過16小時。

4. P3溶液加入時間過長：P3溶液加入后，放置時間不要太長，否則有可能會產生小片段DNA污染。

5. 含大量核酸酶的宿主菌：宿主菌含大量核酸酶，在質粒提取過程中降解質粒DNA，影響提取質粒DNA的完整性，最好選用不含核酸酶的大腸桿菌宿主菌，如DH5α和Top/10。

6. 質粒的二聚體和多聚體形式：質粒復制過程中形成的，與宿主菌相關，電泳可檢測出多條條帶，單酶切處理后可變成單一條帶。

處理提示：

1、購買后，請務必確認標簽上的注意事項。

2、做好預防顛倒，摔壞的措施和管理體制。

3、在使用前再次確認標簽上的注意事項。做好必要的安全對策。

4、對沒有標明其危險特性，有害特性的，也要慎重地進行操作。

5、必須戴好防護用具，小心翼翼進行操作。

6、請參照相關法規，文獻，MSDS等信息，理解并掌握好試劑的特性，再進行安全操作。

7、通常購買試劑時要想到一次性用完。若估算不足有剩余的話，要更加注意其保管和管理。

8、萬一試劑操作者并非專業技術人員。必須在專業人士的指導監督下進行操作。

9、對于使用后的廢棄物，不要或舊的試劑，應按照相關法律法規正當處理。