單細胞測序的興起，不僅是新概念炒作，而是在相關領域，長時間由于技術的瓶頸很多生物學問題沒有解決，現在突然有一個技術可以高性價比地解決這些問題，導致這個技術被大量應用。

以單細胞轉錄組測序技術為例開展探討，單細胞轉錄組主要包括以下四個步驟，其中關鍵的一點就是如何進行單細胞的捕獲/分選，這是決定單細胞檢測成本和通量的關鍵步驟。

主要步驟：在細胞分選的方法里，主要包括特異性分選和非特意性分選兩類方法，兩類方法的關系有點類似定量（只針對特定目標基因進行檢測）和轉錄組測序，用特定標志對特定目標細胞進行挑選，然后對目標細胞開展測序，所以特異性選擇的方法通常通量很低。

非特異性選擇的方法則通常都是高通量的方法，一般是用特定的技術隨機從樣本中捕獲的大量細胞單體，然后直接平行對大量細胞進行獨立的測序，再從大量單細胞數據中尋找自己感興趣的細胞類型進行后續分析。反轉錄擴增過程中，每個細胞的cDNA會被接上特異的接頭序列，保證后續混合測序后還能重新獨立拆分每個細胞的數據，芯片由于可以平行進行96個細胞的建庫測序，降低了成本。

單細胞測序進行目標組織細胞圖譜全景掃描這樣的研究，一般要求檢測至少數千個甚至幾十萬個細胞，而芯片通量只有96個細胞，則意味著要進行多次芯片捕獲，這會提高芯片耗材的投入成本，因此，我們還需要更高通量的技術。單細胞轉錄組測序是在單個細胞水平對mRNA進行高通量測序的一項新技術，針對單個細胞研究其整體水平的基因表達情況，成功解決細胞分子機制研究中常見的細胞異質性、細胞量少而無法進行常規高通量測序等難題。