瓊脂糖凝膠電泳的原理
瓊脂糖凝膠電泳是以瓊脂糖為介質(zhì),對(duì)不同大小的DNA 或 RNA 實(shí)現(xiàn)分離的一種電泳方法。瓊脂糖是一種多糖,具有親水性,但是不帶電荷。
使得 DNA 在堿性條件下使其帶負(fù)電荷(pH8.0 的緩沖液),在電流作用下,以瓊脂糖凝膠為介質(zhì),由負(fù)極向正極移動(dòng),根據(jù)不同的 DNA 分子片段的大小和形狀不同,在電場(chǎng)中泳動(dòng)的速率也不相同,同時(shí)在樣品中加入染料能夠和DNA 分子間形成絡(luò)合物,經(jīng)過(guò)紫外照射,可以看到 DNA 的位置,從而達(dá)到分離、鑒定的目的。
如何選擇瓊脂糖凝膠的濃度
目的產(chǎn)物大小80BP的片段,你可以用2.0%的瓊脂糖凝膠進(jìn)行電泳,瓊脂糖以及TAE的量的多少,首先與你跑得樣品的個(gè)數(shù)有關(guān),因?yàn)槟銟悠返膫€(gè)數(shù)決定了你膠槽的體積,膠槽的體積決定了你的TAE的量,決定了瓊脂糖的量,比如說(shuō)你膠槽的體積是20ml, 那么你要配2.0%的膠,就需要20ml的TAE和0.4g的瓊脂糖。
做膠的時(shí)候要注意一定要讓瓊脂糖充分溶解,可以煮沸,同時(shí)也要注意煮沸的過(guò)程中TAE的蒸發(fā),我第一次做膠的時(shí)候,用燒瓶煮沸差點(diǎn)都蒸發(fā)光了;再就是加EB的時(shí)候以不燙手為標(biāo)準(zhǔn),因?yàn)楦哂?0度時(shí)EB會(huì)升華蒸發(fā),過(guò)于冷卻了會(huì)使EB的濃度不均;因?yàn)镋B為致癌物質(zhì),所以操作時(shí)一定要注意做好自我保護(hù);再就是膠槽要洗干凈,梳齒一定要放正,免得跑出來(lái)的帶不整齊。
跑膠的時(shí)間和電壓成反比,電壓和電泳槽兩個(gè)電極之間的距離成正比,一般是小于5V/cm. 因?yàn)槟愕钠魏苄?,所以很有可能和引物二聚體無(wú)法區(qū)分,所以你再跑電泳時(shí)時(shí)間應(yīng)該適當(dāng)延長(zhǎng)一些,可以使溴芬蘭指示條帶跑過(guò)膠的2/3處,因?yàn)闀r(shí)間長(zhǎng)了,因物二聚體就會(huì)跑沒(méi)了,而目的產(chǎn)物不會(huì)。
瓊脂糖凝膠電泳注意事項(xiàng)
底板一定要用膠帶封緊,否則灌膠時(shí)凝膠會(huì)漏出??梢栽诠嗄z時(shí)先倒少量凝膠在交界處,利用凝固的凝膠將其封緊。
梳子一定不能插到底部,應(yīng)距離底部1-2mm,否則拔梳子時(shí)容易弄破凝膠,導(dǎo)致漏膠,加熱時(shí)應(yīng)注意不要讓瓊脂糖沸騰得太厲害,稍稍沸騰至溶液清涼,即其全部溶解即可,過(guò)度沸騰會(huì)導(dǎo)致凝膠實(shí)際濃度的提高。
將凝膠放入電泳槽時(shí)要注意極性,不要正負(fù)極顛倒。要注意撕去兩端的封帶,凝膠的濃度與待分離的DNA的大小有關(guān)。一般濃度為1%,低濃度的膠特別易碎,要注意。