質(zhì)粒純度不高解決辦法
1.混有蛋白:不要使用過多菌體。經(jīng)溶液P1、P2、P3處理,離心后溶液應(yīng)為澄清的,如果還混有微小蛋白懸浮物可再次離心去除后再進(jìn)行下一步驟。
2. 混有RNA:RNaseA處理不che底,請減少菌體用量或加入溶液P3之后室溫放置一段時(shí)間。如果溶液P1已保存6個(gè)月以上,請?jiān)谌芤篜1中添加RNaseA。
3. 混有基因組DNA:加入溶液P2和P3后應(yīng)溫和混勻,如果劇烈振蕩,可能把基因組DNA剪切成碎片從而混雜在質(zhì)粒中。如果加入溶液P2后過于粘稠,無法溫和混勻,請減少菌體用量。細(xì)菌培養(yǎng)時(shí)間過長會導(dǎo)致細(xì)胞和DNA的降解,培養(yǎng)時(shí)間不要超過16小時(shí)。
4. P3溶液加入時(shí)間過長:P3溶液加入后,放置時(shí)間不要太長,否則有可能會產(chǎn)生小片段DNA污染。
5. 含大量核酸酶的宿主菌:宿主菌含大量核酸酶,在質(zhì)粒提取過程中降解質(zhì)粒DNA,影響提取質(zhì)粒DNA的完整性,最好選用不含核酸酶的大腸桿菌宿主菌,如DH5α。
6. 質(zhì)粒的二聚體和多聚體形式:質(zhì)粒復(fù)制過程中形成的,與宿主菌相關(guān),電泳可檢測出多條條帶,單酶切處理后可變成單一條帶。