在進行PCR擴增時候，給引物兩端設(shè)計好酶切位點，一般說來，限制酶的 選擇非常重要，盡量選擇粘端酶切和 那些酶切效率高的限制酶，如BamHI、HindIII，提前看好各公司的雙切酶所用公用的BUFFER，以及各酶在公用BUFFER里的效率。選好酶切位點后，在各個酶的兩邊加上保護堿基，其原則可參照此處。
雙酶切時間及其體系：需要強調(diào)的是很多人建議酶切過夜，其實wan全沒有必要，一般酶切3個小時，其實1個小時已經(jīng)足夠。應(yīng)用大體系，如100微升。
純化問題：純化PCR產(chǎn)物割膠還是柱式，我推薦柱式，因為割膠手法不準，很容易割下大塊的膠，影響純化效率。現(xiàn)在的柱式純化號稱可以祛除引物，既然如此，酶切掉的幾個堿基肯定也會被純化掉了。所以，PCR產(chǎn)物和雙酶切產(chǎn)物的純化均可應(yīng)用柱式純化。用的是TAKARA的純化柱試劑盒。酶量的問題：以TAKARA的為例，其對1單位酶的定義如下：在50 μl 反應(yīng)液中，30℃溫度下反應(yīng)1小時，將1 μg 的λDNAwan全分解的酶量定義為1個活性單位(U)。 而該酶濃度約為15單位/微升，在除外酶降解的 因素外，該酶可分解15 μg的DNA，而一般從1-4 ml菌液提出的 DNA約為3 μg，而PCR純化后的產(chǎn)物（50體系）約為3 μg，所以即便全部加進去，只要純化的 質(zhì)量好，酶切wan全切得動。
1. 酶切、回收后的PCR產(chǎn)物與載體的連接
摩爾比的計算，很多人憑經(jīng)驗也可以。但對于初學(xué)者從頭認真計算則 非常有必要。回收的載體片段：回收的PCR產(chǎn)物片段=1：10 ，一般取前者0.03 pmol，后者取0.3 pmol。
pmol為單位的DNA轉(zhuǎn)換為為μg單位的DNA：（X pmoles×長度bp×650）/ 1,000,000 （注：長度bp×650是該雙鏈DNA的分子量）所得數(shù)值即為μg,也可以直接用這個公式套.1 pmol 1000 bp DNA=0.66 μg，如載體是5380 bp，則0.03 pmol為
0.03×5.38×0.66=0.106524 μg。
測DNA濃度可以在專用機子上測，注意OD值，一般約1.8-2.0，另外，如果嫌麻煩，也可用MARKER進行估測，如MARKER2000，5微升的 MARKER每個條帶約50 ng。
連接反應(yīng)：TAKARA的 連接酶上的 說明寫的過夜，而其對連接酶單位的定義為：在20 μl的連接反應(yīng)體系中，6 μg的λDNA-Hind III的分解物在16 ℃下反應(yīng)30分鐘時，有90%以上的DNA片段被連接所需要的酶量定義為1個活性單位（U）。而它的濃度為350 U/μl ，所以wan全夠用。連接酶容易失活，注意低溫操作，最好在冰上。時間3個小時足已。
2. 轉(zhuǎn)化
a. 全量（10 μl）加入至100 μl JM109感受態(tài)細胞中，冰中放置30分鐘。
b. 42 ℃加熱45秒鐘后，再在冰中放置1分鐘。
c. 加入890 μl AMP陰性培養(yǎng)基，37 ℃振蕩培養(yǎng)60分鐘。
取100 μl鋪板。也可離心后余100 μl。
幾個非常重要的問題
1. 做轉(zhuǎn)化的時候,進行酶連接反應(yīng)時,注意保持低溫狀態(tài)，因為LIGASE酶很容易降解，為保險起見，一般連接3小時，16度。
2. 對含有AMP-RESISTENCE的質(zhì)粒鋪板時，注意加AMP時的溫度,溫度過高，會使克隆株無法篩選出來.我的方法是培基高溫消毒后放在烤箱里，烤箱一般溫度為55-60度，然后做的時候拿出來，這樣好掌握溫度。鋪板前后注意用吹風機吹干。
3. 對照的設(shè)立：
為驗證雙酶切是否成功，可做如下對照：
A 酶切反應(yīng)時加各單酶分別切，兩管，用同一種BUFFER，跑膠，看單切的兩管是否成線性，如兩管均成線性可初步判斷雙酶切成功。
做轉(zhuǎn)化時也要進行對照。
設(shè)4個：
A. 即拿雙酶切的質(zhì)粒產(chǎn)物也進行連接反應(yīng)，這個對照可進一步看雙酶切是否成功，如果長出克隆，說明很有可能只進行了單酶切，如沒長出克隆，則證明雙酶切成功,當然要保證感受態(tài)，培養(yǎng)基、連接酶都'正常'的情況下。
B. 酶切過的未進行連接反應(yīng)的雙酶切產(chǎn)物,進行轉(zhuǎn)化，這一步可以證明是否有殘留的未被任何酶切的原始質(zhì)粒。
C. 設(shè)原始質(zhì)粒為對照，意為檢測整個操作過程中是否有誤。
D.AMP陰性板上用同一批感受態(tài)細胞鋪板20微升足夠，檢測感受態(tài)狀況。
3. 所有的試劑切記低溫保存
一步一個腳印，不要偷懶，圖省事最后卻更費事，注意設(shè)立對照。
經(jīng)PCR鑒定，克隆90%-100%的陽性率，所以在后面的 挑克隆中，我只挑選4個就足夠了。然后雙酶切鑒定，測序。
