蛋白質與水之間的作用力主要是蛋白質中的肽鍵（偶極-偶極相互作用或氫鍵），或氨基酸的側鏈（解離的、極性甚至非極性基團）同水分子之間發生了相互作用。

影響蛋白質水溶性的應素很多：

（1）pH>pI 時，蛋白質帶負電荷，pH=pI 時，蛋白質不帶電荷，pH 時，蛋白質帶正電荷。溶液的pH 低于或高于蛋白質的pI 都有利于蛋白質水溶性的增加，一方面是加強了蛋白質與水分子的相互作用，另一方面蛋白質鏈之間的相互排斥作用。等電沉淀。

（2）離子強度：μ=0.5ΣCiZi2，Ci 表示離子強度，Zi 表示離子價數。

鹽溶：當溶液中的中性鹽濃度在0.5mol/L 時，可增加蛋白質的溶解性，鹽作用減弱蛋白質分子之間的相互作用。

鹽析：當溶液中的中性鹽的濃度大于1mol/L 時，蛋白質會沉淀析出，這是鹽與蛋白質競爭水分的結果。

不同鹽類對蛋白質的鹽析作用強弱不同。將這種強弱順序稱為感膠離子序：

（3）非水溶劑：有些有機溶劑可引起蛋白質變性沉淀，主要是有機溶劑降低了水的介電常數，蛋白質之間的靜電斥力降低。

（4）溫度：溫度低于40-50℃時，隨溫度的增大水溶性增大，當溫度大于50℃，隨溫度的增大，水溶性降低。

根據蛋白質的溶解性對蛋白質分類：

（1）清蛋白：可溶于pH6.6 的水中，血清清蛋白，卵清蛋白，α-乳清蛋白；

（2）球蛋白：能溶于pH7 的稀堿溶液，β-乳球蛋白；

（3）醇溶蛋白：能溶于70%的乙醇，玉米醇溶蛋白；（4）谷蛋白：在上述溶劑中都不溶解，但可溶于酸（pH2）或堿（pH12）。